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metadata

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qPCR引物设计工具

一个基于Web的qPCR引物设计工具，可以根据基因名称和物种自动设计跨越外显子交界点的引物序列。

功能特点

• 🧬 支持多种模式生物（人类、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、斑马鱼）
• 🎯 自动设计跨越外显子交界点的引物，避免基因组DNA扩增
• 📊 提供详细的引物信息（Tm值、产物长度、序列等）
• 💻 现代化的Web界面，支持移动端
• ⚡ 基于NCBI数据库的实时查询
• 📋 批量处理功能 - 支持一次性处理多个基因
• 📥 多格式导出 - 支持Excel、CSV、JSON格式导出

新增功能

批量处理

• 支持多种输入格式：每行一个基因、逗号分隔、空格分隔
• 实时进度显示
• 批量结果统计和汇总
• 失败基因的详细错误信息

导出功能

• Excel格式: 完整的表格数据，包含所有引物信息
• CSV格式: 兼容各种数据分析软件
• JSON格式: 程序化处理的结构化数据
• 自动生成带时间戳的文件名

安装和运行

1. 安装依赖

pip install -r requirements.txt

2. 运行应用

python app.py

3. 访问网页

打开浏览器访问：http://localhost:5000

使用方法

单个基因设计

1. 选择"单个基因"标签
2. 输入基因名称（如：GAPDH, Gpr34）
3. 选择目标物种
4. 点击"设计引物"按钮
5. 查看结果并可选择导出

批量基因设计

1. 选择"批量处理"标签
2. 输入基因列表，支持多种格式：
   • 每行一个：GAPDH\nACTB\nTUBB3
   • 逗号分隔：GAPDH, ACTB, TUBB3
   • 空格分隔：GAPDH ACTB TUBB3
3. 选择目标物种
4. 点击"批量设计引物"按钮
5. 查看批量结果统计和详细信息
6. 导出完整的批量结果

导出格式说明

Excel格式 (.xlsx)

包含完整的引物信息表格，字段包括：

• 基因名称、RefSeq ID
• 引物对编号、正反向引物序列
• Tm值、产物长度
• 外显子交界点信息、设计时间

CSV格式 (.csv)

与Excel相同的数据，但以逗号分隔值格式保存，便于导入其他软件。

JSON格式 (.json)

结构化的数据格式，包含：

• 导出时间和统计信息
• 完整的原始结果数据
• 适合程序化处理

技术栈

• 后端: Flask + Biopython + Primer3 + Pandas
• 前端: HTML5 + CSS3 + JavaScript
• 数据源: NCBI Entrez数据库
• 导出: openpyxl (Excel) + pandas (CSV/JSON)

注意事项

• 需要稳定的网络连接访问NCBI数据库
• 批量处理时建议每次不超过20个基因，避免超时
• 首次查询某个基因可能需要较长时间
• 建议使用标准的基因符号进行查询
• 导出的文件会自动添加时间戳避免重名