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edugredu
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llamaMedicalVocabIntegration

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The dataset generation failed because of a cast error

Error code:   DatasetGenerationCastError
Exception:    DatasetGenerationCastError
Message:      An error occurred while generating the dataset

All the data files must have the same columns, but at some point there are 2 new columns ({'SET ID', 'Label Text'}) and 5 missing columns ({'first_word_text', 'title', 'id', 'first_word_title', 'text'}).

This happened while the csv dataset builder was generating data using

hf://datasets/edugredu/llamaMedicalVocabIntegration/fda.csv (at revision 14ad8d63fd1057dee420b39d6bb6bff68a5f1837)

Please either edit the data files to have matching columns, or separate them into different configurations (see docs at https://hf.co/docs/hub/datasets-manual-configuration#multiple-configurations)
Traceback:    Traceback (most recent call last):
                File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 1870, in _prepare_split_single
                  writer.write_table(table)
                File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/arrow_writer.py", line 622, in write_table
                  pa_table = table_cast(pa_table, self._schema)
                File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/table.py", line 2292, in table_cast
                  return cast_table_to_schema(table, schema)
                File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/table.py", line 2240, in cast_table_to_schema
                  raise CastError(
              datasets.table.CastError: Couldn't cast
              SET ID: string
              Label Text: string
              -- schema metadata --
              pandas: '{"index_columns": [{"kind": "range", "name": null, "start": 0, "' + 495
              to
              {'id': Value(dtype='int64', id=None), 'title': Value(dtype='string', id=None), 'text': Value(dtype='string', id=None), 'first_word_title': Value(dtype='string', id=None), 'first_word_text': Value(dtype='string', id=None)}
              because column names don't match
              
              During handling of the above exception, another exception occurred:
              
              Traceback (most recent call last):
                File "/src/services/worker/src/worker/job_runners/config/parquet_and_info.py", line 1417, in compute_config_parquet_and_info_response
                  parquet_operations = convert_to_parquet(builder)
                File "/src/services/worker/src/worker/job_runners/config/parquet_and_info.py", line 1049, in convert_to_parquet
                  builder.download_and_prepare(
                File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 924, in download_and_prepare
                  self._download_and_prepare(
                File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 1000, in _download_and_prepare
                  self._prepare_split(split_generator, **prepare_split_kwargs)
                File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 1741, in _prepare_split
                  for job_id, done, content in self._prepare_split_single(
                File "/src/services/worker/.venv/lib/python3.9/site-packages/datasets/builder.py", line 1872, in _prepare_split_single
                  raise DatasetGenerationCastError.from_cast_error(
              datasets.exceptions.DatasetGenerationCastError: An error occurred while generating the dataset
              
              All the data files must have the same columns, but at some point there are 2 new columns ({'SET ID', 'Label Text'}) and 5 missing columns ({'first_word_text', 'title', 'id', 'first_word_title', 'text'}).
              
              This happened while the csv dataset builder was generating data using
              
              hf://datasets/edugredu/llamaMedicalVocabIntegration/fda.csv (at revision 14ad8d63fd1057dee420b39d6bb6bff68a5f1837)
              
              Please either edit the data files to have matching columns, or separate them into different configurations (see docs at https://hf.co/docs/hub/datasets-manual-configuration#multiple-configurations)

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id int64	title string	text string	first_word_title string	first_word_text string
1,778	CODEISAN 28,7 mg COMPRIMIDOS	Codeisan 28,7 mg comprimidos codeína fosfato hemihidrato Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. - Conserve este prospecto, ya que puede tener que volver a leerlo. - Si tiene alguna duda, consulte a su médico o farmacéutico. - E...	codeisan	codeisan
1,891	EUFILINA VENOSA 200 mg SOLUCIÓN INYECTABLE	Eufilina Venosa 200 mg solución inyectable Teofilina anhidra Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a usar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Conserve este prospecto, ya que puede tener que volver a leerlo. Si tiene alguna duda, consulte a su médico o farmacéutico. ...	eufilina	eufilina
2,011	ASPIRINA 500 mg COMPRIMIDOS	Aspirina 500 mg comprimidos Ácido acetilsalicílico Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Siga exactamente las instrucciones de administración del medicamento contenidas en este prospecto o las indicadas por su médico o fa...	aspirina	aspirina
3,160	PARACODINA 2,4 mg/ml JARABE	Paracodina 2,4 mg/ml jarabe Dihidrocodeína bitartrato Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Conserve este prospecto, ya que puede tener que volver a leerlo. Si tiene alguna duda, consulte a su médico o farmacéutico. Este medica...	paracodina	paracodina
4,384	SARIDON 250 mg/150 mg/50 mg COMPRIMIDOS	Saridon 250 mg/150 mg/50 mg comprimidos Paracetamol/Propifenazona/Cafeína Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Siga exactamente las instrucciones de administración del medicamento contenidas en este prospecto o las indicadas ...	saridon	saridon
5,255	CODEISAN 1,26 mg/ml JARABE	Codeisan 1,26 mg/ml jarabe codeína fosfato hemihidrato Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Conserve este prospecto, ya que puede tener que volver a leerlo. Si tiene alguna duda, consulte a su médico o farmacéutico. Este m...	codeisan	codeisan
5,658	OPOBYL 40 mg/50 mg COMPRIMIDOS RECUBIERTOS	OPOBYL 40 mg/50 mg comprimidos recubiertos Zumo concentrado y desecado de Aloe capensis / Extracto seco de Peumus boldus Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted Siga exactamente las instrucciones de administración del medicam...	opobyl	opobyl
5,970	SINERGINA 100 mg COMPRIMIDOS	Sinergina 100 mg comprimidos Fenitoína Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Conserve este prospecto, ya que puede tener que volver a leerlo. Si tiene alguna duda, consulte a su médico o farmacéutico. Este medicamento se le h...	sinergina	sinergina
6,726	NICO-HEPATOCYN COMPRIMIDOS RECUBIERTOS	NICO-HEPATOCYN comprimidos recubiertos Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Siga exactamente las instrucciones de administración del medicamento contenidas en este prospecto o las indicadas por su médico o farmacéutico. Cons...	nico-hepatocyn	nico-hepatocyn
6,994	PASTA LASSAR IMBA POMADA	Pasta Lassar Imba pomada Óxido de Zinc Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a usar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Siga exactamente las instrucciones de administración del medicamento contenidas en este prospecto o las indicadas por su médico o farmacéutico. C...	pasta	pasta
7,769	TANAGEL 250 mg POLVO PARA SUSPENSION ORAL	Tanagel 250 mg Polvo para suspensión oral Gelatina tanato Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Siga exactamente las instrucciones de administración del medicamento contenidas en este prospecto o las indicadas por su médico o ...	tanagel	tanagel
8,399	AUXINA A+E CAPSULAS BLANDAS	Auxina A+E cápsulas blandas Vitamina A (retinol palmitato)/ vitamina E (dl-alfa-tocoferil acetato) Lea todo el prospecto detenidamente antes de empezar a tomar este medicamento, porque contiene información importante para usted. Siga exactamente las instrucciones de administración del medicamento contenidas en este...	auxina	auxina

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LLMs with Quality Vocabulary Integration for Drug Entity Recognition in Spanish Medical Texts

This repository holds the data for the paper "LLMs with Quality Vocabulary Integration for Drug Entity Recognition in Spanish Medical Texts".

The corresponding code can be found in the GitHub repository.

The repository contains the following files:

cima.csv: Data extracted from the CIMA website.
fda.csv: Data extracted from the FDA website.
cima_fda.csv: Combination of the CIMA and FDA data.

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