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(1)ES复合物已被电子显微镜和X射线晶体结构分析直接观察到。如在电子显微镜下可观察到DNA聚合酶Ⅰ可结合到它合成的DNA模板上。用X射线晶体结构分析,研究了羧肽酶A和它的底物Gly-L-Tyr的相互作用及其作用位置(见第10章)。
(2)许多酶和底物的光谱特性在形成 ES 复合物后发生变化。例如色氨酸合成酶为一组菌酶,含有一个磷酸吡哆醛辅基,该酶催化 L-Ser 和吲哚合成 Trp,加 L-Ser 到酶中磷酸吡哆醛的荧光显著增加,随后加吲哚使荧光猝灭到低于单独酶的水平(图 9-7),因此荧光光谱揭示了酶-Ser 和酶-Ser-吲哚复合物的存在。其他光谱学方法,如核磁和顺磁共振,因二色谱也能对 ES 的形成提供信息。
(3) 酶的物理性质,如溶解度或热稳定性,经常在形成 ES 复合物后发生变化。
(4)已分离得到某些酶与底物相互作用生成的ES复合物,如已得到乙酰化胰凝乳蛋白酶及D-氨基酸氧化酶和底物复合物的结晶。
(5) 超离心沉降过程中,可观察到酶和底物共沉降现象。平衡透析时观察到底物浓度在半透膜内外不同等。
(二)酶促反应的动力学方程式
1. 米氏方程式的推导
1913年 Michaelis 和 Menten 在前人工作的基础上,根据酶反应的中间复合物学说:
\ce{E + S <=>[$k_5$] ES ->[$k$] E + P} \tag{9-10}
假定 $E + S \rightleftharpoons ES$ 迅速建立平衡,底物浓度远远大于酶浓度下,ES 分解成产物的逆反应忽略不计,以“快速平衡法”,推导出一个数学方程式,表示了底物浓度与酶反应速率之间的定量关系,通常称为米氏方程。
式中 $v$ 为反应速率,$V_{\max}$ 为酶完全被底物饱和时的最大反应速率,$[S]$ 为底物浓度,$K_s$ 为 ES 的解离常数(底物常数)。
1925 年 Briggs 和 Haldane 提出了稳态(steady state)理论,对米氏方程做了一项很重要的修正,酶促反应分两步进行:
第一步:酶与底物作用,形成酶-底物复合物:
第二步:ES复合物分解形成产物,释放出游离酶;
这两步反应都是可逆的。它们的正反应与逆反应的速率常数分别为 $k_1, k_2, k_3, k_4$。
由于酶促反应的速率与ES的形成与分解直接相关,所以必须考虑ES的形成速率和分解速率。Briggs和Haldane的发展就在于指出ES量不仅与式(9-12)平衡有关,而且还与式(9-13)平衡有关,用稳态代替了平衡态。
所谓稳态是指反应进行一段时间后,系统的复合物ES浓度,由零逐渐增加到一定数值,在一定时间内,尽管底物浓度和产物浓度不断地变化,复合物ES也在不断地生成和分解,但是当反应系统中ES的生成速率和ES的分解速率相等时,络合物ES浓度保持不变的这种反应状态称为稳态,即:
图 9—8 表示实验所得各种浓度对时间的曲线,表示了底物浓度降低,产物形成及 ES 稳态过程。