Spaces:
Paused
Paused
File size: 38,463 Bytes
5551585 | 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 | """
Medical VQA — Complete Data Processing Pipeline
================================================
Pipeline:
1. Tải SLAKE + VQA-RAD từ HuggingFace
2. Gộp & shuffle (seed=42)
3. Dịch question + answer → tiếng Việt (Ollama local, Mac M4 optimised)
- Dictionary-Enhanced Prompting (thuật ngữ y tế chuẩn)
- Yes/No rule-based (không gọi LLM, tiết kiệm ~50% thời gian)
- Output validation (phát hiện output lẫn tiếng Trung/Anh)
4. Paraphrase augmentation (sinh thêm 1 câu VI cho mỗi mẫu)
5. Back-translation QA (dịch ngược VI→EN, tính overlap score)
6. Chia train/val/test 80/10/10
7. Push lên HuggingFace Hub
Cách dùng:
# Cài deps
pip install datasets tqdm requests
# Test 5 mẫu (không cần Ollama lâu)
python data_pipeline.py --dry_run
# Chạy đầy đủ, không push HF
python data_pipeline.py --no_push
# Chạy đầy đủ + push
export HF_TOKEN=os.environ.get("HF_TOKEN", "")
python data_pipeline.py --hf_repo "SpringWang08/medical-vqa-vi"
# Dùng model nhỏ hơn nếu RAM < 16GB
python data_pipeline.py --model qwen2.5:7b --no_push
"""
from __future__ import annotations
import argparse
import json
import os
import re
import random
import time
from pathlib import Path
from typing import Optional
import requests
from tqdm import tqdm
from datasets import load_dataset, Dataset, DatasetDict
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# CẤU HÌNH
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
OLLAMA_URL = "http://localhost:11434/api/generate"
OLLAMA_MODEL = "qwen2.5:14b" # đổi sang qwen2.5:7b nếu RAM < 16 GB
CHECKPOINT = "data/translate_checkpoint.json"
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# TỪ ĐIỂN Y TẾ EN → VI (dictionary-enhanced prompting)
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
MED_DICT: dict[str, str] = {
# ── Giải phẫu cơ bản ──────────────────────────────────────────────────
"lobe": "thùy",
"right lobe": "thùy phải",
"left lobe": "thùy trái",
"upper lobe": "thùy trên",
"lower lobe": "thùy dưới",
"middle lobe": "thùy giữa",
"lung": "phổi",
"lungs": "phổi",
"right lung": "phổi phải",
"left lung": "phổi trái",
"heart": "tim",
"cardiac": "tim",
"aorta": "động mạch chủ",
"pericardial": "màng ngoài tim",
"vascular": "mạch máu",
"trachea": "khí quản",
"diaphragm": "cơ hoành",
"abdomen": "bụng",
"liver": "gan",
"spleen": "lách",
"kidney": "thận",
"gallbladder": "túi mật",
"pancreas": "tụy",
"appendix": "ruột thừa",
"bowel": "ruột",
"colon": "đại tràng",
"stomach": "dạ dày",
"chest": "ngực",
"neck": "cổ",
"shoulder": "vai",
"wrist": "cổ tay",
"ankle": "mắt cá chân",
"thyroid": "tuyến giáp",
"lymph node": "hạch bạch huyết",
"spine": "cột sống",
"pelvis": "xương chậu",
"femur": "xương đùi",
"tibia": "xương chày",
"rib": "xương sườn",
"vertebra": "đốt sống",
"joint": "khớp",
# ── Não / Thần kinh ───────────────────────────────────────────────────
"brain": "não",
"head": "đầu",
"skull": "hộp sọ",
"cortex": "vỏ não",
"cerebral cortex": "vỏ não đại não",
"medulla": "tủy",
"cerebellum": "tiểu não",
"temporal": "thái dương",
"parietal": "đỉnh",
"frontal": "trán",
"occipital": "chẩm",
# ── Bệnh lý / Tổn thương ──────────────────────────────────────────────
"pneumonia": "viêm phổi",
"pleural effusion": "tràn dịch màng phổi",
"atelectasis": "xẹp phổi",
"consolidation": "đông đặc",
"infiltrate": "thâm nhiễm",
"pneumothorax": "tràn khí màng phổi",
"emphysema": "khí phế thũng",
"bronchitis": "viêm phế quản",
"cardiomegaly": "tim to",
"fracture": "gãy xương",
"scoliosis": "vẹo cột sống",
"osteoporosis": "loãng xương",
"arthritis": "viêm khớp",
"dislocation": "trật khớp",
"hemorrhage": "xuất huyết",
"stroke": "đột quỵ",
"cerebral edema": "phù não",
"brain edema": "phù não",
"infarction": "nhồi máu",
"hematoma": "máu tụ",
"aneurysm": "phình mạch",
"stenosis": "hẹp",
"thrombosis": "huyết khối",
"ischemia": "thiếu máu cục bộ",
"tumor": "khối u",
"mass": "khối u",
"nodule": "nốt",
"lesion": "tổn thương",
"abnormality": "bất thường",
"opacity": "đục mờ",
"edema": "phù nề",
"calcification": "vôi hóa",
"effusion": "tràn dịch",
"shadow": "bóng mờ",
# ── Hình ảnh học ──────────────────────────────────────────────────────
"modality": "phương thức chụp",
"organ system": "hệ cơ quan",
"imaging": "hình ảnh",
"scan": "ảnh chụp",
"sagittal": "mặt phẳng dọc",
"coronal": "mặt phẳng trán",
"axial": "mặt phẳng ngang",
"plane": "mặt phẳng",
"view": "góc nhìn",
"section": "lát cắt",
"slice": "lát cắt",
# ── Hình thái / Mô tả ─────────────────────────────────────────────────
"u-shaped": "hình chữ U",
"c-shaped": "hình chữ C",
"round": "tròn",
"oval": "bầu dục",
"irregular": "không đều",
"homogeneous": "đồng nhất",
"heterogeneous": "không đồng nhất",
"density": "mật độ",
# ── Vị trí tương đối ──────────────────────────────────────────────────
"bilateral": "hai bên",
"unilateral": "một bên",
"ipsilateral": "cùng bên",
"contralateral": "đối bên",
"anterior": "phía trước",
"posterior": "phía sau",
"lateral": "bên",
"medial": "giữa",
"superior": "trên",
"inferior": "dưới",
"proximal": "gần",
"distal": "xa",
"central": "trung tâm",
"peripheral": "ngoại vi",
# ── Trạng thái chung ──────────────────────────────────────────────────
"normal": "bình thường",
"abnormal": "bất thường",
}
# Tập Yes / No — không cần gọi LLM
YES_SET: set[str] = {"yes", "true", "present", "positive", "1", "correct"}
NO_SET: set[str] = {"no", "false", "absent", "negative", "0", "incorrect"}
# Regex dấu thanh điệu tiếng Việt
VI_DIACRITIC = re.compile(
r"[àáảãạăắặẳẵằâầấẩẫậèéẻẽẹêềếểễệìíỉĩịòóỏõọôồốổỗộơờớởỡợ"
r"ùúủũụưừứửữựỳýỷỹỵđÀÁẢÃẠĂẮẶẲẴẰÂẦẤẨẪẬÈÉẺẼẸÊỀẾỂỄỆÌÍỈĨỊÒÓỎÕỌ"
r"ÔỒỐỔỖỘƠỜỚỞỠỢÙÚỦŨỤƯỪỨỬỮỰỲÝỶỸỴĐ]"
)
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# PATCH 1 — Phát hiện tiếng Trung bằng Unicode
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
def is_chinese(text: str) -> bool:
"""True nếu câu chứa >= 3 ký tự CJK (tránh false positive với ký hiệu)."""
count = sum(
1 for ch in text
if "\u4e00" <= ch <= "\u9fff" # CJK Unified Ideographs
or "\u3400" <= ch <= "\u4dbf" # Extension A
or "\uf900" <= ch <= "\ufaff" # CJK Compatibility Ideographs
)
return count >= 3
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# PATCH 2 — Validate output là tiếng Việt hợp lệ
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# Tập hợp các từ tiếng Việt/thuật ngữ y khoa hợp lệ nhưng hoàn toàn KHÔNG CÓ DẤU
VALID_NO_DIACRITIC_WORDS = frozenset({
"gan", "tim", "tay", "vai", "u", "nang", "to", "sau", "trong", "nam",
"hai", "ba", "tai", "da", "cao", "suy",
"phim", "tia", "x", "ray", "scan", "ct", "mri", "ph", "mmhg", "spo2",
"ecg", "ekg", "icu", "pet", "us"
})
def is_valid_vi(text: str, original: str) -> bool:
"""
True nếu text trông như tiếng Việt hợp lệ:
- Không rỗng, không chứa CJK
- Không giống hệt tiếng Anh gốc
- Phải có dấu tiếng Việt, NẾU KHÔNG CÓ DẤU thì phải thuộc danh sách từ ngoại lệ (gan, tim, CT...)
"""
if not text or len(text.strip()) < 2:
return False
if is_chinese(text):
return False
if text.strip().lower() == original.strip().lower():
return False
# Nếu câu có chứa dấu/ký tự đặc thù tiếng Việt -> Hợp lệ
if bool(VI_DIACRITIC.search(text)):
return True
# NẾU KHÔNG CÓ DẤU:
# 1. Chỉ chấp nhận câu ngắn (<= 3 từ)
words = text.lower().split()
if len(words) > 3:
return False
# 2. Bắt buộc MỌI từ trong câu phải nằm trong whitelist không dấu
# (Tránh lọt các từ tiếng Anh lười dịch như "liver", "right side")
return all(w in VALID_NO_DIACRITIC_WORDS for w in words)
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# PROMPT TEMPLATES
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
_Q_PROMPT = """\
Bạn là chuyên gia dịch thuật y tế (Anh → Việt).
QUY TẮC BẮT BUỘC:
1. Giữ nguyên tiếng Anh: CT scan, MRI, X-ray, pH, mmHg, SpO2, tên thuốc.
2. Dùng từ điển dưới đây, ghi tiếng Anh trong ngoặc lần đầu xuất hiện.
TỪ ĐIỂN: {term_dict}
3. Câu hỏi tự nhiên, ngắn gọn (≤ 15 từ), đúng cú pháp tiếng Việt.
4. TRẢ VỀ JSON duy nhất: {{"translation": "..."}}
CÂU GỐC: {text}"""
_A_PROMPT = """\
Bạn là chuyên gia dịch thuật y tế (Anh → Việt).
QUY TẮC BẮT BUỘC:
1. Giữ nguyên tiếng Anh: CT scan, MRI, X-ray, pH, mmHg, SpO2, tên thuốc.
2. Dùng từ điển dưới đây.
TỪ ĐIỂN: {term_dict}
3. Câu trả lời ngắn gọn (≤ 10 từ).
4. TRẢ VỀ JSON duy nhất: {{"translation": "..."}}
CÂU GỐC: {text}"""
_PARA_Q_PROMPT = """\
Bạn là một chuyên gia ngôn ngữ y tế tiếng Việt.
Nhiệm vụ: Viết lại (paraphrase) câu hỏi y khoa dưới đây thành 4 cách diễn đạt KHÁC NHAU.
Yêu cầu:
- Giữ nguyên nghĩa y khoa và các thuật ngữ.
- Đảo cấu trúc câu hoặc dùng từ đồng nghĩa tự nhiên.
Câu hỏi gốc: {question}
TRẢ VỀ ĐỊNH DẠNG JSON DUY NHẤT (key 'variants' là mảng chứa 4 chuỗi): {{"variants": ["cách 1", "cách 2", "cách 3", "cách 4"]}}"""
_PARA_A_PROMPT = """\
Bạn là một chuyên gia ngôn ngữ y tế tiếng Việt.
Nhiệm vụ: Viết ra 4 biến thể KHÁC NHAU của câu trả lời dưới đây (kết hợp cả trả lời ngắn và câu trả lời đầy đủ).
Yêu cầu:
- Giữ nguyên ý nghĩa y khoa so với đáp án gốc. KHÔNG ĐƯỢC bịa thêm thông tin.
- Có thể dùng từ đồng nghĩa tự nhiên.
Câu hỏi tham khảo: {question}
Đáp án gốc: {answer}
TRẢ VỀ ĐỊNH DẠNG JSON DUY NHẤT (key 'variants' là mảng chứa 4 chuỗi): {{"variants": ["biến thể 1", "biến thể 2", "biến thể 3", "biến thể 4"]}}"""
_EXPAND_PROMPT = """\
Chuyển câu trả lời ngắn thành một câu hoàn chỉnh, tự nhiên và đa dạng cách diễn đạt.
YÊU CẦU BẮT BUỘC:
1. TRẢ LỜI HOÀN TOÀN BẰNG TIẾNG VIỆT.
2. Câu trả lời phải CỰC KỲ NGẮN GỌN (TỐI ĐA 10 TỪ).
3. KHÔNG lặp đi lặp lại một kiểu mở bài. Hãy trả lời trực tiếp.
4. TUYỆT ĐỐI KHÔNG tự bịa thêm thông tin ngoài Đáp án gốc.
Câu hỏi: {question}
Đáp án gốc: {answer}
TRẢ VỀ JSON duy nhất: {{"translation": "..."}}"""
_BT_PROMPT = """\
Translate the following Vietnamese medical question back to English.
Return JSON only: {{"translation": "..."}}
Vietnamese: {question_vi}"""
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# HELPERS
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
def _extract_terms(text: str) -> str:
"""Tìm thuật ngữ y tế trong câu → chuỗi "en=vi, ..." để inject vào prompt."""
t = text.lower()
found: list[str] = []
# Sắp xếp multi-word trước để tránh "lung" match trong "right lung"
for en, vi in sorted(MED_DICT.items(), key=lambda x: -len(x[0])):
if en in t and not any(en in prev for prev in found):
found.append(f"{en}={vi}")
return ", ".join(found) if found else "Không có thuật ngữ đặc biệt."
def _post_process(text: str) -> str:
"""Chuẩn hoá viết hoa các ký hiệu y tế, xoá dấu nháy thừa."""
for w in ["CT", "MRI", "X-ray", "pH", "mmHg", "SpO2", "ECG", "EKG", "ICU"]:
text = re.sub(r"\b" + re.escape(w) + r"\b", w, text, flags=re.IGNORECASE)
return text.strip().strip('"')
def _call_ollama(
prompt: str,
temperature: float = 0.0,
max_tokens: int = 150,
retries: int = 3,
) -> str:
"""Gọi Ollama, trả về string (đã parse JSON nếu được)."""
payload = {
"model": OLLAMA_MODEL,
"prompt": prompt,
"stream": False,
"format": "json",
"options": {"temperature": temperature, "num_predict": max_tokens},
}
for attempt in range(retries):
try:
r = requests.post(OLLAMA_URL, json=payload, timeout=60)
raw = r.json().get("response", "{}").strip()
try:
parsed = json.loads(raw)
# Lấy value đầu tiên trong dict nếu key không rõ
for key in ("translation", "paraphrase"):
if key in parsed:
return str(parsed[key])
return raw
except json.JSONDecodeError:
return raw
except Exception:
time.sleep(2 ** attempt)
return ""
def _token_overlap(a: str, b: str) -> float:
"""BLEU-1 đơn giản: tỷ lệ từ chung / max độ dài."""
ta, tb = set(a.lower().split()), set(b.lower().split())
if not ta or not tb:
return 0.0
return len(ta & tb) / max(len(ta), len(tb))
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# TRANSLATION FUNCTIONS
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
def translate_question(text: str, retries: int = 3) -> tuple[str, bool]:
"""
Dịch câu hỏi tiếng Anh → tiếng Việt.
Trả về (translation, is_valid).
"""
if not text.strip():
return "", False
term_dict = _extract_terms(text)
prompt = _Q_PROMPT.format(text=text, term_dict=term_dict)
for _ in range(retries):
raw = _call_ollama(prompt)
result = _post_process(raw)
if is_valid_vi(result, text):
return result, True
return "", False
def translate_answer(text: str) -> tuple[str, bool]:
"""
Dịch câu trả lời.
Yes/No → rule-based (không gọi LLM).
Câu dài → gọi LLM.
"""
if not text.strip():
return "", False
t = text.strip().lower()
# Rule-based Yes/No — nhanh, chính xác 100%
if t in YES_SET:
return "Có", True
if t in NO_SET:
return "Không", True
# Câu trả lời ngắn 1 từ (VD: "Right", "Head", "MRI")
if len(t.split()) == 1:
# Thử tra từ điển trước
vi = MED_DICT.get(t)
if vi:
return vi, True
# Gọi LLM cho câu dài hơn
term_dict = _extract_terms(text)
prompt = _A_PROMPT.format(text=text, term_dict=term_dict)
for _ in range(3):
raw = _call_ollama(prompt, max_tokens=80)
result = _post_process(raw)
if is_valid_vi(result, text):
return result, True
return text, False # fallback giữ nguyên tiếng Anh
def expand_answer(question_vi: str, answer_vi: str) -> str:
"""Phóng to câu trả lời ngắn thành câu giao tiếp hoàn chỉnh."""
if not question_vi.strip() or not answer_vi.strip():
return answer_vi
if len(answer_vi.split()) > 7:
return answer_vi
prompt = _EXPAND_PROMPT.format(question=question_vi, answer=answer_vi)
raw = _call_ollama(prompt, temperature=0.5, max_tokens=100) # Temp=0.5 để đa dạng hóa
result = _post_process(raw)
# Fallback nếu LLM bịa ra tiếng Trung hoặc lỗi ngôn ngữ
if is_chinese(result):
return answer_vi
return result
def generate_variants(prompt: str, original_valid: str) -> list[str]:
"""Hàm gọi Ollama chung để sinh ra mảng các biến thể (variants)."""
payload = {
"model": OLLAMA_MODEL,
"prompt": prompt,
"stream": False,
"format": "json",
"options": {"temperature": 0.7, "num_predict": 200},
}
for _ in range(3):
try:
r = requests.post(OLLAMA_URL, json=payload, timeout=60)
parsed = json.loads(r.json().get("response", "{}"))
variants = parsed.get("variants", [])
if isinstance(variants, list) and len(variants) > 0:
# Xóa dấu nháy, khoảng trắng và đảm bảo là tiếng Việt hợp lệ
cleaned = [_post_process(str(v)) for v in variants if is_valid_vi(str(v), original_valid)]
# Bỏ các câu trùng nhau
unique_variants = list(set(cleaned))
# Trả về tối đa 4 câu
return unique_variants[:4]
except Exception:
time.sleep(1)
return []
def paraphrase_question(question_vi: str) -> list[str]:
if not question_vi.strip():
return []
prompt = _PARA_Q_PROMPT.format(question=question_vi)
return generate_variants(prompt, original_valid=question_vi)
def paraphrase_answer(question_vi: str, answer_vi: str) -> list[str]:
if not question_vi.strip() or not answer_vi.strip():
return []
t = answer_vi.lower()
# Nếu là Có/Không, tự hardcode các biến thể (vì AI sinh sẽ dễ bịa hoặc lỗi)
if t == "có":
return ["Có.", "Đúng vậy.", "Chính xác.", "Đúng thế."]
if t == "không":
return ["Không.", "Sai.", "Không phải.", "Hoàn toàn không."]
prompt = _PARA_A_PROMPT.format(question=question_vi, answer=answer_vi)
return generate_variants(prompt, original_valid=answer_vi)
def back_translate(question_vi: str) -> tuple[str, float]:
"""
Dịch ngược VI → EN, tính token overlap với câu gốc EN.
Trả về (back_translation_text, overlap_score).
"""
if not question_vi.strip():
return "", 0.0
prompt = _BT_PROMPT.format(question_vi=question_vi)
raw = _call_ollama(prompt, max_tokens=100)
return _post_process(raw), 0.0 # score sẽ tính sau khi có EN gốc
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# BƯỚC 1 + 2: LOAD & MERGE
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
def load_slake() -> list[dict]:
"""
[PATCH 1] Dùng Unicode detection thay vì q_lang field
vì BoKelvin/SLAKE không export trường đó đầy đủ.
"""
print("[1/5] Tải SLAKE từ HuggingFace...")
ds = load_dataset("BoKelvin/SLAKE", split="train")
rows, skipped = [], 0
for item in ds:
q = item.get("question", "")
a = str(item.get("answer", ""))
# Lọc câu Trung Quốc
if is_chinese(q) or is_chinese(a):
skipped += 1
continue
a_type = item.get("answer_type", "OPEN")
if isinstance(a_type, str):
a_type = a_type.upper()
else:
a_type = "CLOSED" if a.lower() in YES_SET | NO_SET else "OPEN"
rows.append({
"id": f"slake_{item.get('qid', len(rows))}",
"source": "slake",
"image_name": item.get("img_name", ""),
"question": q,
"answer": a,
"answer_type": a_type,
"content_type": str(item.get("content_type", "")),
"modality": str(item.get("modality", "")),
"location": str(item.get("location", "")),
})
print(f" → {len(rows)} mẫu tiếng Anh | đã lọc {skipped} câu Trung Quốc")
return rows
def load_vqa_rad() -> list[dict]:
print("[1/5] Tải VQA-RAD từ HuggingFace...")
ds = load_dataset("flaviagiammarino/vqa-rad", split="train")
rows = []
for i, item in enumerate(ds):
a = str(item.get("answer", ""))
a_type = "CLOSED" if a.lower() in YES_SET | NO_SET else "OPEN"
rows.append({
"id": f"vqarad_{i}",
"source": "vqa-rad",
"image_name": item.get("image_name", f"rad_{i}.jpg"),
"question": item.get("question", ""),
"answer": a,
"answer_type": a_type,
"content_type": str(item.get("question_type", "")),
"modality": "",
"location": "",
})
print(f" → {len(rows)} mẫu VQA-RAD")
return rows
def merge_and_shuffle(slake: list, vqarad: list) -> list:
merged = slake + vqarad
random.seed(42)
random.shuffle(merged)
print(
f"[2/5] Merged: {len(merged)} mẫu "
f"({len(slake)} SLAKE + {len(vqarad)} VQA-RAD)"
)
return merged
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# BƯỚC 3 + 4 + 5: DỊCH + AUGMENT + QA
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
def check_ollama() -> bool:
try:
r = requests.get("http://localhost:11434/api/tags", timeout=5)
models = [m["name"] for m in r.json().get("models", [])]
has = any(OLLAMA_MODEL.split(":")[0] in m for m in models)
if not has:
print(f"⚠️ Chưa có model. Chạy: ollama pull {OLLAMA_MODEL}")
return False
print(f"✅ Ollama OK — model: {OLLAMA_MODEL}")
return True
except Exception:
print("❌ Không kết nối được Ollama. Hãy mở app Ollama trước!")
return False
def process_dataset(
data: list,
do_expand: bool = True,
do_paraphrase: bool = True,
do_back_translate: bool = True,
bt_threshold: float = 0.3,
checkpoint_path: str = CHECKPOINT,
batch_log: int = 50,
) -> list:
"""
Với mỗi mẫu:
- Dịch question_vi + answer_vi (có validate output)
- Sinh paraphrase_vi (nếu do_paraphrase=True)
- Back-translation + score (nếu do_back_translate=True)
- Gắn low_quality=True nếu score < bt_threshold
Checkpoint tự động mỗi batch_log mẫu để resume khi bị ngắt.
"""
# Load checkpoint
done: dict = {}
if os.path.exists(checkpoint_path):
with open(checkpoint_path, encoding="utf-8") as f:
done = json.load(f)
print(f"[3/5] Resume: đã có {len(done)} mục trong checkpoint")
def _save():
Path(checkpoint_path).parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
with open(checkpoint_path, "w", encoding="utf-8") as f:
json.dump(done, f, ensure_ascii=False, indent=2)
to_do = [row for row in data if row["id"] not in done]
print(f"[3/5] Cần xử lý: {len(to_do)} mẫu | đã bỏ qua: {len(data)-len(to_do)}")
low_q_count = 0
for i, row in enumerate(tqdm(to_do, desc="Dịch + augment")):
rid = row["id"]
# ── Dịch câu hỏi ──────────────────────────────────────────────────
q_vi, q_valid = translate_question(row["question"])
# ── Dịch câu trả lời ──────────────────────────────────────────────
a_vi, a_valid = translate_answer(row["answer"])
# ── Phóng to câu trả lời ──────────────────────────────────────────
a_full_vi = ""
if do_expand and a_valid and a_vi:
a_full_vi = expand_answer(q_vi, a_vi)
# ── Data Augmentation: Paraphrase ─────────────────────────────────
para_questions_vi = []
if do_paraphrase and q_valid and q_vi:
para_questions_vi = paraphrase_question(q_vi)
para_answers_vi = []
if do_paraphrase and a_valid and a_vi:
para_answers_vi = paraphrase_answer(q_vi, a_vi)
# ── Back-translation QA ───────────────────────────────────────────
bt_text = ""
bt_score = 1.0
low_q = False
if do_back_translate and q_valid and q_vi:
bt_text, _ = back_translate(q_vi)
bt_score = _token_overlap(row["question"], bt_text)
low_q = bt_score < bt_threshold
if low_q:
low_q_count += 1
done[rid] = {
"question_vi": q_vi,
"question_vi_valid": q_valid,
"answer_vi": a_vi,
"answer_vi_valid": a_valid,
"answer_full_vi": a_full_vi,
"paraphrase_questions": para_questions_vi, # Mảng chứa ~4 câu hỏi biến thể
"paraphrase_answers": para_answers_vi, # Mảng chứa ~4 câu trả lời biến thể
"back_translation_en": bt_text,
"bt_score": round(bt_score, 3),
"low_quality": low_q,
}
if (i + 1) % batch_log == 0:
_save()
tqdm.write(
f" [{i+1}/{len(to_do)}] low_quality so far: {low_q_count}"
)
_save()
# Gắn kết quả vào từng row
for row in data:
row.update(done.get(row["id"], {}))
total = len(data)
print(
f"[3/5] ✅ Xong! "
f"Low quality: {low_q_count}/{total} "
f"({low_q_count/max(total,1)*100:.1f}%)"
)
return data
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# BƯỚC 6: SPLIT + PUSH
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
def split_dataset(data: list) -> dict[str, list]:
from collections import defaultdict
# Gom nhóm dữ liệu theo tên ảnh (để đảm bảo không rò rỉ ảnh giữa các tập)
images = defaultdict(list)
for row in data:
images[row["image_name"]].append(row)
image_names = list(images.keys())
random.seed(42)
random.shuffle(image_names)
# Yêu cầu: Chia train/val/test 80/10/10 và ảnh không trùng với train.
num_images = len(image_names)
n_train = int(num_images * 0.8)
n_val = int(num_images * 0.1)
train_images = image_names[:n_train]
val_images = image_names[n_train : n_train + n_val]
test_images = image_names[n_train + n_val:]
splits = {"train": [], "validation": [], "test": []}
for img in test_images:
splits["test"].extend(images[img])
for img in val_images:
splits["validation"].extend(images[img])
for img in train_images:
splits["train"].extend(images[img])
print(
f"[4/5] Split (Image-disjoint) → "
f"train: {len(splits['train'])} mẫu ({len(train_images)} ảnh) | "
f"val: {len(splits['validation'])} mẫu ({len(val_images)} ảnh) | "
f"test: {len(splits['test'])} mẫu ({len(test_images)} ảnh)"
)
return splits
def push_to_hub(splits: dict[str, list], repo_id: str) -> None:
token = os.environ.get("HF_TOKEN")
if not token:
print(
"⚠️ Chưa set HF_TOKEN — bỏ qua bước push.\n"
" Để push, chạy: export HF_TOKEN='hf_...'"
)
return
hf_dict = DatasetDict(
{k: Dataset.from_list(v) for k, v in splits.items()}
)
print(f"[5/5] Đang push lên: {repo_id} ...")
hf_dict.push_to_hub(repo_id=repo_id, token=token, private=False)
print(f"✅ Done! https://huggingface.co/datasets/{repo_id}")
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# THỐNG KÊ CUỐI
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
def print_stats(data: list) -> None:
total = len(data)
closed = sum(1 for r in data if r.get("answer_type") == "CLOSED")
low_q = sum(1 for r in data if r.get("low_quality"))
has_para = sum(1 for r in data if r.get("paraphrase_vi"))
q_ok = sum(1 for r in data if r.get("question_vi_valid"))
a_ok = sum(1 for r in data if r.get("answer_vi_valid"))
slake_n = sum(1 for r in data if r["source"] == "slake")
rad_n = sum(1 for r in data if r["source"] == "vqa-rad")
bar = "─" * 46
print(f"\n{bar}")
print(f" 📊 THỐNG KÊ DATASET")
print(bar)
print(f" Tổng mẫu : {total:>6}")
print(f" SLAKE : {slake_n:>6} ({slake_n/max(total,1)*100:.1f}%)")
print(f" VQA-RAD : {rad_n:>6} ({rad_n/max(total,1)*100:.1f}%)")
print(bar)
print(f" Closed (yes/no) : {closed:>6} ({closed/max(total,1)*100:.1f}%)")
print(f" Open : {total-closed:>6} ({(total-closed)/max(total,1)*100:.1f}%)")
print(bar)
print(f" question_vi OK : {q_ok:>6} ({q_ok/max(total,1)*100:.1f}%)")
print(f" answer_vi OK : {a_ok:>6} ({a_ok/max(total,1)*100:.1f}%)")
print(f" Có paraphrase : {has_para:>6} ({has_para/max(total,1)*100:.1f}%)")
print(f" Low quality (BT) : {low_q:>6} ({low_q/max(total,1)*100:.1f}%)")
print(bar)
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
# MAIN
# ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
def main() -> None:
global OLLAMA_MODEL
parser = argparse.ArgumentParser(
description="Medical VQA Data Pipeline — Mac M4 / CUDA"
)
parser.add_argument(
"--hf_repo", default="YOUR_USERNAME/medical-vqa-vi",
help="HuggingFace dataset repo ID"
)
parser.add_argument(
"--dry_run", action="store_true",
help="Chỉ chạy 5 mẫu để test nhanh"
)
parser.add_argument(
"--no_push", action="store_true",
help="Không push lên HuggingFace"
)
parser.add_argument(
"--no_paraphrase", action="store_true",
help="Bỏ qua paraphrase augmentation"
)
parser.add_argument(
"--no_back_translate", action="store_true",
help="Bỏ qua back-translation QA"
)
parser.add_argument(
"--bt_threshold", type=float, default=0.3,
help="Ngưỡng back-translation overlap score (mặc định: 0.3)"
)
parser.add_argument(
"--model", default=OLLAMA_MODEL,
help=f"Ollama model name (mặc định: {OLLAMA_MODEL})"
)
parser.add_argument(
"--checkpoint", default=CHECKPOINT,
help="Đường dẫn file checkpoint"
)
args = parser.parse_args()
OLLAMA_MODEL = args.model # type: ignore[assignment]
# ── 1+2: Load & merge ────────────────────────────────────────────────
slake = load_slake()
vqarad = load_vqa_rad()
merged = merge_and_shuffle(slake, vqarad)
if args.dry_run:
merged = merged[:5]
print(f"[DRY RUN] Chỉ xử lý {len(merged)} mẫu.")
# ── 3+4+5: Translate + augment ───────────────────────────────────────
if not check_ollama():
print("Pipeline dừng — Ollama chưa sẵn sàng.")
return
merged = process_dataset(
merged,
do_paraphrase = not args.no_paraphrase,
do_back_translate = not args.no_back_translate,
bt_threshold = args.bt_threshold,
checkpoint_path = args.checkpoint,
)
# ── Lưu JSON local ───────────────────────────────────────────────────
out_path = Path("data/merged_vqa_vi.json")
out_path.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
with open(out_path, "w", encoding="utf-8") as f:
json.dump(merged, f, ensure_ascii=False, indent=2)
print(f"\n[*] Đã lưu: {out_path} ({out_path.stat().st_size / 1024:.0f} KB)")
print_stats(merged)
# ── 6: Split + push ──────────────────────────────────────────────────
if not args.dry_run:
splits = split_dataset(merged)
if not args.no_push:
push_to_hub(splits, repo_id=args.hf_repo)
else:
# Lưu từng split ra file riêng để tiện dùng
for name, rows in splits.items():
p = Path(f"data/{name}.json")
with open(p, "w", encoding="utf-8") as f:
json.dump(rows, f, ensure_ascii=False, indent=2)
print(f"[*] Lưu split '{name}': {p}")
if __name__ == "__main__":
main() |