Upload preprocessed data for TCGA-BLCA

.gitattributes

@@ -33,3 +33,4 @@ saved_model/**/* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 *.zip filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 *.zst filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 *tfevents* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
+cohorts/TCGA-BLCA/gene_expression.csv filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text

cohorts/TCGA-BLCA/bipartite_graph.pt

@@ -0,0 +1,3 @@
+version https://git-lfs.github.com/spec/v1
+oid sha256:19bb90bd8f892adf7960d8dff3041ebbddaa44037c18646997203ae9bf70a462
+size 737860

cohorts/TCGA-BLCA/data_splits.pkl

@@ -0,0 +1,3 @@
+version https://git-lfs.github.com/spec/v1
+oid sha256:6d0d2178f7da9d9a90fc82f4e534eb7e7592c5e2afed6cdbbcce31a322c3fd03
+size 28148

cohorts/TCGA-BLCA/gene_expression.csv

@@ -0,0 +1,3 @@
+version https://git-lfs.github.com/spec/v1
+oid sha256:29b512ff871263cac7032292ada4967b30f5b53efea7d4ba122c037b685a2dd6
+size 11810054

cohorts/TCGA-BLCA/labels.csv

@@ -0,0 +1,360 @@
+case_id,survival_time,event,survival_bin
+TCGA-S5-A6DX,1.8666666666666667,1,0
+TCGA-XF-AAMH,11.466666666666669,1,1
+TCGA-GC-A3RC,16.133333333333333,0,2
+TCGA-YC-A89H,19.1,0,2
+TCGA-E7-A6MF,25.0,0,3
+TCGA-ZF-A9R0,22.666666666666668,1,2
+TCGA-FD-A3N5,22.83333333333333,1,3
+TCGA-UY-A78L,37.56666666666667,0,3
+TCGA-FJ-A3ZE,10.8,1,1
+TCGA-FD-A5BV,5.433333333333334,1,0
+TCGA-FD-A3SO,5.6,1,0
+TCGA-ZF-A9RC,95.6,0,3
+TCGA-XF-AAMX,6.866666666666666,1,0
+TCGA-UY-A78O,77.06666666666666,0,3
+TCGA-ZF-AA4X,68.13333333333334,0,3
+TCGA-CF-A7I0,12.266666666666667,0,1
+TCGA-ZF-AA5P,12.4,0,1
+TCGA-FD-A5BT,10.933333333333334,1,1
+TCGA-FD-A6TE,12.533333333333331,0,1
+TCGA-BT-A20T,15.1,1,2
+TCGA-GV-A3QH,8.6,1,1
+TCGA-DK-A1AF,17.866666666666667,0,2
+TCGA-CF-A47S,11.1,0,1
+TCGA-CF-A8HX,11.5,0,1
+TCGA-ZF-A9R5,36.333333333333336,0,3
+TCGA-E7-A519,16.933333333333334,0,2
+TCGA-FD-A3N6,28.366666666666667,0,3
+TCGA-PQ-A6FI,12.4,0,1
+TCGA-GV-A3JV,14.466666666666669,1,2
+TCGA-DK-A3IT,21.6,0,2
+TCGA-GC-A6I1,9.066666666666666,1,1
+TCGA-FD-A3SM,18.23333333333333,1,2
+TCGA-XF-AAN7,18.83333333333333,1,2
+TCGA-GV-A3QK,27.73333333333333,0,3
+TCGA-BT-A20O,12.333333333333334,1,1
+TCGA-XF-A8HD,98.8,0,3
+TCGA-E7-A97Q,8.2,1,1
+TCGA-4Z-AA81,42.333333333333336,1,3
+TCGA-UY-A9PB,29.966666666666665,0,3
+TCGA-XF-A9SZ,28.633333333333333,1,3
+TCGA-XF-A8HB,45.66666666666666,0,3
+TCGA-C4-A0F0,1.9666666666666663,0,0
+TCGA-GD-A3OS,21.266666666666666,0,2
+TCGA-MV-A51V,13.666666666666666,0,2
+TCGA-GC-A6I3,14.1,0,2
+TCGA-4Z-AA7W,28.0,0,3
+TCGA-4Z-AA7R,17.4,1,2
+TCGA-4Z-AA83,67.46666666666667,0,3
+TCGA-DK-A3IQ,17.966666666666665,1,2
+TCGA-UY-A9PA,35.733333333333334,0,3
+TCGA-BT-A0YX,13.333333333333334,1,1
+TCGA-4Z-AA7M,16.5,0,2
+TCGA-G2-A3IE,20.4,1,2
+TCGA-LT-A8JT,21.366666666666667,0,2
+TCGA-DK-A3X2,18.23333333333333,1,2
+TCGA-CU-A72E,13.766666666666667,1,2
+TCGA-K4-A3WS,25.366666666666667,0,3
+TCGA-G2-A2EK,16.166666666666668,0,2
+TCGA-XF-AAME,94.26666666666668,1,3
+TCGA-DK-A3WX,10.7,1,1
+TCGA-XF-AAN4,27.433333333333334,1,3
+TCGA-GU-A42P,11.066666666666666,1,1
+TCGA-UY-A78P,79.33333333333333,0,3
+TCGA-CU-A0YR,15.333333333333334,1,2
+TCGA-K4-A6FZ,1.8333333333333333,0,0
+TCGA-G2-AA3B,66.93333333333334,0,3
+TCGA-BT-A20N,26.5,1,3
+TCGA-FD-A62N,2.7333333333333334,0,0
+TCGA-DK-A2I2,7.9,1,1
+TCGA-UY-A78M,23.0,1,3
+TCGA-BT-A42F,28.8,0,3
+TCGA-G2-A3IB,7.333333333333333,1,0
+TCGA-YF-AA3L,12.133333333333333,0,1
+TCGA-ZF-AA51,57.13333333333333,0,3
+TCGA-BL-A0C8,40.63333333333333,0,3
+TCGA-CF-A1HR,12.966666666666669,0,1
+TCGA-DK-A3WW,21.1,0,2
+TCGA-4Z-AA84,15.333333333333334,0,2
+TCGA-DK-A6B2,15.9,0,2
+TCGA-K4-A4AC,9.266666666666667,1,1
+TCGA-FD-A5BU,19.6,0,2
+TCGA-K4-A4AB,2.8,0,0
+TCGA-K4-A3WV,21.53333333333333,0,2
+TCGA-DK-A1AE,16.366666666666667,0,2
+TCGA-CF-A47V,12.633333333333333,0,1
+TCGA-E7-A5KF,0.6666666666666666,0,0
+TCGA-GV-A3JZ,20.1,0,2
+TCGA-CF-A9FL,18.83333333333333,1,2
+TCGA-HQ-A5NE,12.333333333333334,1,1
+TCGA-5N-A9KI,2.533333333333333,1,0
+TCGA-CF-A9FM,13.266666666666667,0,1
+TCGA-GC-A3BM,21.7,1,2
+TCGA-5N-A9KM,17.666666666666668,1,2
+TCGA-BT-A42E,36.93333333333333,0,3
+TCGA-CU-A3KJ,18.73333333333333,0,2
+TCGA-FJ-A871,9.066666666666666,1,1
+TCGA-ZF-A9RM,48.5,0,3
+TCGA-DK-A3IK,4.866666666666666,1,0
+TCGA-E7-A4XJ,2.2666666666666666,1,0
+TCGA-BL-A13I,7.433333333333334,1,0
+TCGA-C4-A0EZ,9.1,1,1
+TCGA-FD-A62P,6.366666666666666,1,0
+TCGA-FD-A6TG,3.1,1,0
+TCGA-FD-A3B4,17.0,1,2
+TCGA-4Z-AA7Q,17.0,1,2
+TCGA-GV-A3JX,19.366666666666667,0,2
+TCGA-CF-A8HY,11.5,0,1
+TCGA-XF-A8HH,1.9,1,0
+TCGA-CF-A47Y,12.433333333333334,0,1
+TCGA-GU-AATP,33.43333333333333,0,3
+TCGA-ZF-A9R3,31.633333333333333,1,3
+TCGA-DK-A3IL,13.766666666666667,1,2
+TCGA-FD-A43X,3.6666666666666665,0,0
+TCGA-E7-A97P,14.566666666666666,1,2
+TCGA-FD-A6TH,4.366666666666666,1,0
+TCGA-E7-A7XN,14.266666666666667,0,2
+TCGA-XF-A9SL,67.33333333333333,1,3
+TCGA-BL-A5ZZ,12.566666666666666,0,1
+TCGA-DK-A1A3,22.166666666666668,1,2
+TCGA-DK-A3WY,165.56666666666666,0,3
+TCGA-DK-A6B0,77.66666666666667,0,3
+TCGA-4Z-AA86,10.366666666666667,1,1
+TCGA-UY-A9PD,18.066666666666663,0,2
+TCGA-DK-A1AG,15.833333333333334,0,2
+TCGA-XF-AAMR,93.0,0,3
+TCGA-UY-A8OB,70.3,0,3
+TCGA-CF-A5UA,12.166666666666666,0,1
+TCGA-K4-A5RI,11.866666666666667,1,1
+TCGA-FD-A6TK,11.0,0,1
+TCGA-XF-AAMZ,44.93333333333333,1,3
+TCGA-ZF-AA4T,19.966666666666665,1,2
+TCGA-CF-A3MI,12.333333333333334,0,1
+TCGA-XF-A9SK,16.2,1,2
+TCGA-GC-A4ZW,0.5,0,0
+TCGA-DK-A3IM,8.266666666666667,1,1
+TCGA-ZF-AA4V,60.2,0,3
+TCGA-FD-A3B7,4.066666666666666,1,0
+TCGA-S5-AA26,16.766666666666666,0,2
+TCGA-ZF-AA5H,29.9,0,3
+TCGA-XF-A9T0,26.633333333333333,0,3
+TCGA-CU-A5W6,1.8666666666666667,1,0
+TCGA-E7-A3Y1,5.433333333333334,0,0
+TCGA-XF-AAMY,100.36666666666666,0,3
+TCGA-YC-A8S6,9.766666666666667,0,1
+TCGA-CU-A0YO,4.966666666666667,1,0
+TCGA-FD-A5BX,5.766666666666667,1,0
+TCGA-GU-A42R,19.23333333333333,1,2
+TCGA-ZF-A9R9,28.8,1,3
+TCGA-BL-A13J,2.7,1,0
+TCGA-GU-A763,33.233333333333334,0,3
+TCGA-ZF-AA4R,34.53333333333333,1,3
+TCGA-DK-A6B6,37.16666666666666,0,3
+TCGA-ZF-A9R2,21.4,0,2
+TCGA-FD-A62O,7.2,1,0
+TCGA-DK-A2I4,144.76666666666668,0,3
+TCGA-K4-A5RJ,17.966666666666665,0,2
+TCGA-XF-AAMG,112.13333333333334,0,3
+TCGA-GV-A3QF,20.566666666666663,1,2
+TCGA-E7-A8O7,15.533333333333331,0,2
+TCGA-FD-A6TA,63.73333333333333,0,3
+TCGA-G2-A2ES,33.46666666666667,1,3
+TCGA-FD-A62S,13.533333333333331,1,1
+TCGA-FD-A6TB,19.066666666666663,0,2
+TCGA-XF-AAN5,76.43333333333334,0,3
+TCGA-E7-A7PW,13.866666666666667,0,2
+TCGA-BT-A20J,19.3,1,2
+TCGA-XF-AAN2,62.3,1,3
+TCGA-2F-A9KO,24.466666666666665,1,3
+TCGA-FD-A3SL,23.73333333333333,1,3
+TCGA-4Z-AA7S,35.46666666666667,1,3
+TCGA-BT-A2LB,16.4,1,2
+TCGA-DK-A3IS,50.96666666666667,0,3
+TCGA-GU-AATQ,7.1,1,0
+TCGA-XF-AAN3,87.5,0,3
+TCGA-2F-A9KP,12.133333333333333,1,1
+TCGA-DK-A6B5,51.4,0,3
+TCGA-GC-A3OO,16.033333333333335,0,2
+TCGA-FD-A6TD,12.866666666666667,1,1
+TCGA-FD-A43N,23.3,0,3
+TCGA-GU-A764,20.33333333333333,0,2
+TCGA-E7-A6ME,24.366666666666667,0,3
+TCGA-G2-AA3D,71.3,0,3
+TCGA-YC-A9TC,0.6666666666666666,1,0
+TCGA-XF-A8HG,15.566666666666666,1,2
+TCGA-FD-A3B6,33.5,1,3
+TCGA-XF-A9SX,23.966666666666665,1,3
+TCGA-DK-A2HX,47.333333333333336,1,3
+TCGA-SY-A9G0,33.6,1,3
+TCGA-FD-A3SS,13.033333333333331,1,1
+TCGA-BT-A20U,15.166666666666666,1,2
+TCGA-FD-A3SQ,47.43333333333333,1,3
+TCGA-GU-AATO,10.8,1,1
+TCGA-XF-AAMT,3.0,1,0
+TCGA-UY-A9PF,3.9,0,0
+TCGA-XF-A9SH,65.7,1,3
+TCGA-CU-A3YL,30.2,0,3
+TCGA-G2-A2EL,27.3,1,3
+TCGA-GD-A3OP,2.1333333333333333,0,0
+TCGA-FD-A5BY,8.366666666666667,0,1
+TCGA-GC-A3RD,14.266666666666667,0,2
+TCGA-DK-A3X1,66.96666666666667,0,3
+TCGA-CF-A47T,12.833333333333334,1,1
+TCGA-FD-A43P,27.73333333333333,0,3
+TCGA-DK-A2I1,18.2,0,2
+TCGA-BT-A42C,29.1,0,3
+TCGA-CF-A47W,12.266666666666667,0,1
+TCGA-FD-A6TC,6.233333333333333,0,0
+TCGA-CF-A3MF,12.766666666666667,0,1
+TCGA-E5-A4TZ,15.566666666666666,1,2
+TCGA-FT-A3EE,3.3,1,0
+TCGA-XF-A9SU,6.066666666666666,1,0
+TCGA-XF-A9T6,2.1333333333333333,0,0
+TCGA-2F-A9KW,8.466666666666667,1,1
+TCGA-4Z-AA82,51.86666666666667,1,3
+TCGA-XF-A9T3,2.2666666666666666,0,0
+TCGA-E7-A85H,13.133333333333333,0,1
+TCGA-XF-A9SV,12.933333333333334,1,1
+TCGA-DK-A6B1,68.3,0,3
+TCGA-K4-A83P,16.5,0,2
+TCGA-UY-A9PE,6.3,0,0
+TCGA-UY-A78N,88.03333333333333,1,3
+TCGA-DK-A2I6,88.53333333333333,0,3
+TCGA-GU-A766,16.0,0,2
+TCGA-GC-A3RB,19.4,0,2
+TCGA-FD-A3SN,29.566666666666663,0,3
+TCGA-E7-A4IJ,22.466666666666665,1,2
+TCGA-DK-A1AD,114.0,0,3
+TCGA-HQ-A2OF,64.9,0,3
+TCGA-CF-A3MH,13.266666666666667,0,1
+TCGA-E5-A4U1,39.36666666666667,0,3
+TCGA-CF-A5U8,13.3,0,1
+TCGA-GD-A6C6,2.2333333333333334,0,0
+TCGA-E7-A5KE,0.5666666666666667,0,0
+TCGA-ZF-AA4W,61.0,0,3
+TCGA-H4-A2HO,1.5333333333333334,0,0
+TCGA-FD-A5BR,27.1,0,3
+TCGA-FD-A6TF,2.3,1,0
+TCGA-E7-A6MD,4.3,0,0
+TCGA-CF-A3MG,12.3,0,1
+TCGA-XF-A9SY,21.33333333333333,0,2
+TCGA-XF-A9T4,16.5,1,2
+TCGA-4Z-AA89,34.3,0,3
+TCGA-E7-A678,26.6,0,3
+TCGA-FD-A3NA,61.5,0,3
+TCGA-GV-A40G,19.33333333333333,0,2
+TCGA-BT-A3PK,10.1,1,1
+TCGA-GC-A3WC,18.0,0,2
+TCGA-FD-A3SJ,24.633333333333333,1,3
+TCGA-4Z-AA7Y,50.73333333333333,0,3
+TCGA-FD-A3B5,9.066666666666666,1,1
+TCGA-LC-A66R,15.533333333333331,0,2
+TCGA-FD-A5C0,18.33333333333333,1,2
+TCGA-ZF-A9R4,30.7,0,3
+TCGA-HQ-A2OE,39.13333333333333,0,3
+TCGA-XF-A9SI,80.76666666666667,0,3
+TCGA-G2-A2EJ,48.66666666666666,0,3
+TCGA-GD-A3OQ,3.1666666666666665,0,0
+TCGA-DK-A3IV,9.8,1,1
+TCGA-GV-A40E,8.7,1,1
+TCGA-DK-A3IN,8.333333333333334,1,1
+TCGA-XF-AAMQ,72.56666666666666,0,3
+TCGA-FD-A5C1,59.73333333333333,0,3
+TCGA-E7-A541,25.933333333333334,1,3
+TCGA-GC-A3I6,21.0,1,2
+TCGA-G2-A3VY,17.866666666666667,0,2
+TCGA-E7-A7DU,0.9333333333333332,0,0
+TCGA-ZF-AA4U,8.733333333333333,1,1
+TCGA-E7-A3X6,30.133333333333333,1,3
+TCGA-4Z-AA7N,45.56666666666667,1,3
+TCGA-FJ-A3ZF,17.466666666666665,0,2
+TCGA-XF-A9SP,15.133333333333333,1,2
+TCGA-DK-A1AA,19.266666666666666,0,2
+TCGA-K4-A54R,28.066666666666663,0,3
+TCGA-XF-A9T5,67.56666666666666,0,3
+TCGA-K4-AAQO,11.966666666666669,0,1
+TCGA-FJ-A3Z7,31.5,0,3
+TCGA-ZF-AA4N,2.933333333333333,1,0
+TCGA-H4-A2HQ,19.666666666666668,0,2
+TCGA-4Z-AA7O,17.066666666666666,0,2
+TCGA-GV-A3QI,37.0,0,3
+TCGA-E7-A677,27.33333333333333,0,3
+TCGA-XF-AAN1,31.366666666666667,1,3
+TCGA-CF-A47X,12.8,0,1
+TCGA-DK-A1A5,2.1666666666666665,1,0
+TCGA-ZF-A9RE,3.533333333333333,1,0
+TCGA-G2-AA3C,7.033333333333333,1,0
+TCGA-XF-AAML,7.733333333333333,1,0
+TCGA-HQ-A5ND,9.133333333333333,1,1
+TCGA-K4-A6MB,15.633333333333333,0,2
+TCGA-FD-A3SP,26.1,0,3
+TCGA-XF-A9SM,34.93333333333333,0,3
+TCGA-K4-A5RH,9.2,0,1
+TCGA-BT-A20Q,19.766666666666666,1,2
+TCGA-GU-A767,4.8,1,0
+TCGA-E7-A7DV,1.2333333333333334,0,0
+TCGA-DK-A1AC,132.7,0,3
+TCGA-XF-AAMJ,55.66666666666666,1,3
+TCGA-BT-A2LA,17.4,0,2
+TCGA-XF-A9SW,12.066666666666666,1,1
+TCGA-PQ-A6FN,16.9,0,2
+TCGA-BT-A2LD,20.766666666666666,1,2
+TCGA-2F-A9KT,110.46666666666668,0,3
+TCGA-CF-A9FF,12.033333333333331,0,1
+TCGA-K4-A3WU,3.5,0,0
+TCGA-DK-A3IU,23.53333333333333,1,3
+TCGA-G2-A2EF,62.8,0,3
+TCGA-DK-A6AV,65.06666666666666,0,3
+TCGA-FJ-A3Z9,12.833333333333334,1,1
+TCGA-UY-A8OC,3.066666666666667,1,0
+TCGA-XF-A8HI,18.133333333333333,1,2
+TCGA-XF-A9SJ,3.2666666666666666,1,0
+TCGA-CF-A27C,14.166666666666666,0,2
+TCGA-ZF-AA5N,5.6,1,0
+TCGA-ZF-A9RF,64.96666666666667,0,3
+TCGA-FD-A3B3,32.46666666666667,1,3
+TCGA-YF-AA3M,13.833333333333334,0,2
+TCGA-FD-A43Y,15.8,1,2
+TCGA-GD-A2C5,27.066666666666663,0,3
+TCGA-UY-A9PH,52.03333333333333,0,3
+TCGA-4Z-AA80,0.6333333333333333,1,0
+TCGA-DK-A6AW,54.03333333333333,0,3
+TCGA-4Z-AA87,48.46666666666667,0,3
+TCGA-ZF-A9R1,25.766666666666666,0,3
+TCGA-ZF-AA53,58.7,0,3
+TCGA-DK-A1A7,18.666666666666668,0,2
+TCGA-E5-A2PC,44.2,0,3
+TCGA-LT-A5Z6,15.8,0,2
+TCGA-ZF-A9RN,20.5,1,2
+TCGA-BT-A3PJ,26.3,0,3
+TCGA-ZF-A9R7,22.166666666666668,0,2
+TCGA-ZF-A9RL,90.1,0,3
+TCGA-FT-A61P,11.233333333333333,0,1
+TCGA-GV-A6ZA,23.03333333333333,0,3
+TCGA-G2-A2EO,60.13333333333333,1,3
+TCGA-FD-A5BZ,27.83333333333333,1,3
+TCGA-GU-A762,7.733333333333333,1,0
+TCGA-CF-A1HS,12.733333333333333,0,1
+TCGA-XF-AAN0,57.266666666666666,1,3
+TCGA-XF-A8HF,98.46666666666668,1,3
+TCGA-FD-A6TI,9.8,1,1
+TCGA-BT-A20W,8.466666666666667,1,1
+TCGA-FD-A3SR,20.066666666666663,1,2
+TCGA-ZF-AA58,54.96666666666667,0,3
+TCGA-FD-A5BS,54.63333333333333,0,3
+TCGA-XF-A8HE,127.23333333333332,0,3
+TCGA-BT-A0S7,6.666666666666667,1,0
+TCGA-G2-AA3F,29.766666666666666,0,3
+TCGA-UY-A8OD,114.4,0,3
+TCGA-GU-A42Q,11.466666666666669,1,1
+TCGA-XF-AAMW,8.433333333333334,1,1
+TCGA-SY-A9G5,39.53333333333333,0,3
+TCGA-GV-A3JW,21.633333333333333,0,2
+TCGA-BT-A3PH,4.733333333333333,1,0
+TCGA-2F-A9KR,106.1,1,3
+TCGA-2F-A9KQ,96.2,0,3
+TCGA-FD-A43U,21.2,0,2
+TCGA-GC-A3YS,25.266666666666666,0,3
+TCGA-FD-A3B8,12.8,0,1
+TCGA-BL-A3JM,6.833333333333333,1,0